4. WDL Workflows

Documentation for each workflow is provided here. Although there are many workflows that serve different functions, some of the primary workflows we use most often include:

• demux_deplete (on every sequencing run)

• classify_single (metagenomics & host depletion)

• assemble_denovo (for most viruses)

• assemble_refbased (for less diverse viruses, such as those from single point source human outbreaks)

• augur_from_assemblies (for nextstrain-based visualization of phylogeny)

• genbank (for NCBI Genbank submission)

• 4.1. align_and_count_report
  • 4.1.1. Inputs
    • 4.1.1.1. Required inputs
    • 4.1.1.2. Other inputs
  • 4.1.2. Outputs
• 4.2. align_and_count_multiple_report
  • 4.2.1. Inputs
    • 4.2.1.1. Required inputs
    • 4.2.1.2. Other inputs
  • 4.2.2. Outputs
• 4.3. align_and_plot
  • 4.3.1. Inputs
    • 4.3.1.1. Required inputs
    • 4.3.1.2. Advanced inputs
    • 4.3.1.3. Other inputs
  • 4.3.2. Outputs
• 4.4. assemble_denovo
  • 4.4.1. Inputs
    • 4.4.1.1. Required inputs
    • 4.4.1.2. Other common inputs
    • 4.4.1.3. Advanced inputs
    • 4.4.1.4. Other inputs
  • 4.4.2. Outputs
• 4.5. assemble_refbased
  • 4.5.1. Inputs
    • 4.5.1.1. Required inputs
    • 4.5.1.2. Other common inputs
    • 4.5.1.3. Advanced inputs
    • 4.5.1.4. Other inputs
  • 4.5.2. Outputs
• 4.6. augur_export_only
  • 4.6.1. Inputs
    • 4.6.1.1. Required inputs
    • 4.6.1.2. Other inputs
  • 4.6.2. Outputs
• 4.7. augur_from_assemblies
  • 4.7.1. Inputs
    • 4.7.1.1. Required inputs
    • 4.7.1.2. Other inputs
  • 4.7.2. Outputs
• 4.8. augur_from_beast_mcc
  • 4.8.1. Inputs
    • 4.8.1.1. Required inputs
    • 4.8.1.2. Other inputs
  • 4.8.2. Outputs
• 4.9. augur_from_mltree
  • 4.9.1. Inputs
    • 4.9.1.1. Required inputs
    • 4.9.1.2. Other inputs
  • 4.9.2. Outputs
• 4.10. augur_from_msa
  • 4.10.1. Inputs
    • 4.10.1.1. Required inputs
    • 4.10.1.2. Other inputs
  • 4.10.2. Outputs
• 4.11. augur_from_msa_with_subsampler
  • 4.11.1. Inputs
    • 4.11.1.1. Required inputs
    • 4.11.1.2. Other inputs
  • 4.11.2. Outputs
• 4.12. qiime_import_bam
  • 4.12.1. Inputs
    • 4.12.1.1. Required inputs
    • 4.12.1.2. Other inputs
  • 4.12.2. Outputs
• 4.13. bams_multiqc
  • 4.13.1. Inputs
    • 4.13.1.1. Required inputs
    • 4.13.1.2. Other inputs
  • 4.13.2. Outputs
• 4.14. beast_gpu
  • 4.14.1. Inputs
    • 4.14.1.1. Required inputs
    • 4.14.1.2. Other inputs
  • 4.14.2. Outputs
• 4.15. calc_bam_read_depths
  • 4.15.1. Inputs
    • 4.15.1.1. Required inputs
    • 4.15.1.2. Other inputs
  • 4.15.2. Outputs
• 4.16. classify_kaiju
  • 4.16.1. Inputs
    • 4.16.1.1. Required inputs
    • 4.16.1.2. Other inputs
  • 4.16.2. Outputs
• 4.17. classify_kraken2
  • 4.17.1. Inputs
    • 4.17.1.1. Required inputs
    • 4.17.1.2. Other inputs
  • 4.17.2. Outputs
• 4.18. classify_krakenuniq
  • 4.18.1. Inputs
    • 4.18.1.1. Required inputs
    • 4.18.1.2. Other inputs
  • 4.18.2. Outputs
• 4.19. classify_multi
  • 4.19.1. Inputs
    • 4.19.1.1. Required inputs
    • 4.19.1.2. Other inputs
  • 4.19.2. Outputs
• 4.20. amplicon16S_analysis
  • 4.20.1. Inputs
    • 4.20.1.1. Required inputs
    • 4.20.1.2. Advanced inputs
    • 4.20.1.3. Other inputs
  • 4.20.2. Outputs
• 4.21. classify_single
  • 4.21.1. Inputs
    • 4.21.1.1. Required inputs
    • 4.21.1.2. Other inputs
  • 4.21.2. Outputs
• 4.22. contigs
  • 4.22.1. Inputs
    • 4.22.1.1. Required inputs
    • 4.22.1.2. Other inputs
  • 4.22.2. Outputs
• 4.23. coverage_table
  • 4.23.1. Inputs
    • 4.23.1.1. Required inputs
    • 4.23.1.2. Other inputs
  • 4.23.2. Outputs
• 4.24. demux_deplete
  • 4.24.1. Inputs
    • 4.24.1.1. Required inputs
    • 4.24.1.2. Advanced inputs
    • 4.24.1.3. Other inputs
  • 4.24.2. Outputs
• 4.25. demux_metag
  • 4.25.1. Inputs
    • 4.25.1.1. Required inputs
    • 4.25.1.2. Advanced inputs
    • 4.25.1.3. Other inputs
  • 4.25.2. Outputs
• 4.26. demux_only
  • 4.26.1. Inputs
    • 4.26.1.1. Required inputs
    • 4.26.1.2. Advanced inputs
    • 4.26.1.3. Other inputs
  • 4.26.2. Outputs
• 4.27. demux_plus
  • 4.27.1. Inputs
    • 4.27.1.1. Required inputs
    • 4.27.1.2. Advanced inputs
    • 4.27.1.3. Other inputs
  • 4.27.2. Outputs
• 4.28. deplete_only
  • 4.28.1. Inputs
    • 4.28.1.1. Required inputs
    • 4.28.1.2. Other inputs
  • 4.28.2. Outputs
• 4.29. detect_cross_contamination
  • 4.29.1. Inputs
    • 4.29.1.1. Required inputs
    • 4.29.1.2. Other inputs
  • 4.29.2. Outputs
• 4.30. detect_cross_contamination_precalled_vcfs
  • 4.30.1. Inputs
    • 4.30.1.1. Required inputs
    • 4.30.1.2. Other inputs
  • 4.30.2. Outputs
• 4.31. diff_genome_sets
  • 4.31.1. Inputs
    • 4.31.1.1. Required inputs
    • 4.31.1.2. Other inputs
  • 4.31.2. Outputs
• 4.32. downsample
  • 4.32.1. Inputs
    • 4.32.1.1. Required inputs
    • 4.32.1.2. Other inputs
  • 4.32.2. Outputs
• 4.33. fastq_to_ubam
  • 4.33.1. Inputs
    • 4.33.1.1. Required inputs
    • 4.33.1.2. Other inputs
  • 4.33.2. Outputs
• 4.34. fetch_annotations
  • 4.34.1. Inputs
    • 4.34.1.1. Required inputs
    • 4.34.1.2. Other inputs
  • 4.34.2. Outputs
• 4.35. fetch_sra_to_bam
  • 4.35.1. Inputs
    • 4.35.1.1. Required inputs
    • 4.35.1.2. Other inputs
  • 4.35.2. Outputs
• 4.36. filter_classified_bam_to_taxa
  • 4.36.1. Inputs
    • 4.36.1.1. Required inputs
    • 4.36.1.2. Other inputs
  • 4.36.2. Outputs
• 4.37. filter_sequences
  • 4.37.1. Inputs
    • 4.37.1.1. Required inputs
    • 4.37.1.2. Other inputs
  • 4.37.2. Outputs
• 4.38. genbank
  • 4.38.1. Inputs
    • 4.38.1.1. Required inputs
    • 4.38.1.2. Other common inputs
    • 4.38.1.3. Other inputs
  • 4.38.2. Outputs
• 4.39. isnvs_lofreq
  • 4.39.1. Inputs
    • 4.39.1.1. Required inputs
    • 4.39.1.2. Other inputs
  • 4.39.2. Outputs
• 4.40. isnvs_merge_to_vcf
  • 4.40.1. Inputs
    • 4.40.1.1. Required inputs
    • 4.40.1.2. Other inputs
  • 4.40.2. Outputs
• 4.41. isnvs_one_sample
  • 4.41.1. Inputs
    • 4.41.1.1. Required inputs
    • 4.41.1.2. Other inputs
  • 4.41.2. Outputs
• 4.42. kraken2_build
  • 4.42.1. Inputs
    • 4.42.1.1. Required inputs
    • 4.42.1.2. Other inputs
  • 4.42.2. Outputs
• 4.43. mafft
  • 4.43.1. Inputs
    • 4.43.1.1. Required inputs
    • 4.43.1.2. Other inputs
  • 4.43.2. Outputs
• 4.44. mafft_and_snp
  • 4.44.1. Inputs
    • 4.44.1.1. Required inputs
    • 4.44.1.2. Other inputs
  • 4.44.2. Outputs
• 4.45. mafft_and_snp_annotated
  • 4.45.1. Inputs
    • 4.45.1.1. Required inputs
    • 4.45.1.2. Other inputs
  • 4.45.2. Outputs
• 4.46. mafft_and_trim
  • 4.46.1. Inputs
    • 4.46.1.1. Required inputs
    • 4.46.1.2. Other inputs
  • 4.46.2. Outputs
• 4.47. merge_bams
  • 4.47.1. Inputs
    • 4.47.1.1. Required inputs
    • 4.47.1.2. Other inputs
  • 4.47.2. Outputs
• 4.48. merge_metagenomics
  • 4.48.1. Inputs
    • 4.48.1.1. Required inputs
    • 4.48.1.2. Other inputs
  • 4.48.2. Outputs
• 4.49. merge_tar_chunks
  • 4.49.1. Inputs
    • 4.49.1.1. Required inputs
    • 4.49.1.2. Other inputs
  • 4.49.2. Outputs
• 4.50. merge_vcfs
  • 4.50.1. Inputs
    • 4.50.1.1. Required inputs
    • 4.50.1.2. Other inputs
  • 4.50.2. Outputs
• 4.51. merge_vcfs_and_annotate
  • 4.51.1. Inputs
    • 4.51.1.1. Required inputs
    • 4.51.1.2. Other inputs
  • 4.51.2. Outputs
• 4.52. metagenomic_denovo
  • 4.52.1. Inputs
    • 4.52.1.1. Required inputs
    • 4.52.1.2. Other common inputs
    • 4.52.1.3. Advanced inputs
    • 4.52.1.4. Other inputs
  • 4.52.2. Outputs
• 4.53. multiqc_only
  • 4.53.1. Inputs
    • 4.53.1.1. Required inputs
    • 4.53.1.2. Other inputs
  • 4.53.2. Outputs
• 4.54. nextclade_single
  • 4.54.1. Inputs
    • 4.54.1.1. Required inputs
    • 4.54.1.2. Other inputs
  • 4.54.2. Outputs
• 4.55. sarscov2_batch_relineage
  • 4.55.1. Inputs
    • 4.55.1.1. Required inputs
    • 4.55.1.2. Other inputs
  • 4.55.2. Outputs
• 4.56. sarscov2_biosample_load
  • 4.56.1. Inputs
    • 4.56.1.1. Required inputs
    • 4.56.1.2. Other inputs
  • 4.56.2. Outputs
• 4.57. sarscov2_data_release
  • 4.57.1. Inputs
    • 4.57.1.1. Required inputs
    • 4.57.1.2. Other inputs
  • 4.57.2. Outputs
• 4.58. sarscov2_genbank
  • 4.58.1. Inputs
    • 4.58.1.1. Required inputs
    • 4.58.1.2. Other inputs
  • 4.58.2. Outputs
• 4.59. genbank_dump
  • 4.59.1. Inputs
    • 4.59.1.1. Required inputs
  • 4.59.2. Outputs
• 4.60. sarscov2_gisaid_ingest
  • 4.60.1. Inputs
    • 4.60.1.1. Required inputs
    • 4.60.1.2. Other inputs
  • 4.60.2. Outputs
• 4.61. sarscov2_illumina_full
  • 4.61.1. Inputs
    • 4.61.1.1. Required inputs
    • 4.61.1.2. Advanced inputs
    • 4.61.1.3. Other inputs
  • 4.61.2. Outputs
• 4.62. sarscov2_lineages
  • 4.62.1. Inputs
    • 4.62.1.1. Required inputs
    • 4.62.1.2. Other inputs
  • 4.62.2. Outputs
• 4.63. sarscov2_nextclade_multi
  • 4.63.1. Inputs
    • 4.63.1.1. Required inputs
    • 4.63.1.2. Other inputs
  • 4.63.2. Outputs
• 4.64. sarscov2_nextstrain
  • 4.64.1. Inputs
    • 4.64.1.1. Required inputs
    • 4.64.1.2. Other inputs
  • 4.64.2. Outputs
• 4.65. sarscov2_nextstrain_aligned_input
  • 4.65.1. Inputs
    • 4.65.1.1. Required inputs
    • 4.65.1.2. Other inputs
  • 4.65.2. Outputs
• 4.66. sarscov2_sequencing_reports
  • 4.66.1. Inputs
    • 4.66.1.1. Required inputs
    • 4.66.1.2. Other inputs
  • 4.66.2. Outputs
• 4.67. sarscov2_sra_to_genbank
  • 4.67.1. Inputs
    • 4.67.1.1. Required inputs
    • 4.67.1.2. Advanced inputs
    • 4.67.1.3. Other inputs
  • 4.67.2. Outputs
• 4.68. scaffold_and_refine
  • 4.68.1. Inputs
    • 4.68.1.1. Required inputs
    • 4.68.1.2. Other common inputs
    • 4.68.1.3. Advanced inputs
    • 4.68.1.4. Other inputs
  • 4.68.2. Outputs
• 4.69. subsampler_only
  • 4.69.1. Inputs
    • 4.69.1.1. Required inputs
    • 4.69.1.2. Other inputs
  • 4.69.2. Outputs
• 4.70. subsample_by_metadata
  • 4.70.1. Inputs
    • 4.70.1.1. Required inputs
    • 4.70.1.2. Other inputs
  • 4.70.2. Outputs
• 4.71. subsample_by_metadata_with_focal
  • 4.71.1. Inputs
    • 4.71.1.1. Required inputs
    • 4.71.1.2. Other inputs
  • 4.71.2. Outputs
• 4.72. terra_table_to_tsv
  • 4.72.1. Inputs
    • 4.72.1.1. Required inputs
    • 4.72.1.2. Other inputs
  • 4.72.2. Outputs
• 4.73. update_data_tables
  • 4.73.1. Inputs
    • 4.73.1.1. Required inputs
    • 4.73.1.2. Other inputs
  • 4.73.2. Outputs
• 4.74. trimal
  • 4.74.1. Inputs
    • 4.74.1.1. Required inputs
    • 4.74.1.2. Other inputs
  • 4.74.2. Outputs