# nextclade_single
Run Nextclade on a single genome

## Inputs

### Required inputs
<p name="nextclade_single.nextclade_one_sample.genome_fasta">
        <b>nextclade_single.nextclade_one_sample.genome_fasta</b><br />
        <i>File &mdash; Default: None</i><br />
        ???
</p>
<p name="nextclade_single.taxid_to_nextclade_dataset_name.nextclade_by_taxid_tsv">
        <b>nextclade_single.taxid_to_nextclade_dataset_name.nextclade_by_taxid_tsv</b><br />
        <i>File &mdash; Default: None</i><br />
        ???
</p>
<p name="nextclade_single.taxid_to_nextclade_dataset_name.taxdump_tgz">
        <b>nextclade_single.taxid_to_nextclade_dataset_name.taxdump_tgz</b><br />
        <i>File &mdash; Default: None</i><br />
        ???
</p>
<p name="nextclade_single.taxid_to_nextclade_dataset_name.taxid">
        <b>nextclade_single.taxid_to_nextclade_dataset_name.taxid</b><br />
        <i>Int &mdash; Default: None</i><br />
        ???
</p>

### Other inputs
<details>
<summary> Show/Hide </summary>
<p name="nextclade_single.nextclade_one_sample.auspice_reference_tree_json">
        <b>nextclade_single.nextclade_one_sample.auspice_reference_tree_json</b><br />
        <i>File? &mdash; Default: None</i><br />
        ???
</p>
<p name="nextclade_single.nextclade_one_sample.disk_size">
        <b>nextclade_single.nextclade_one_sample.disk_size</b><br />
        <i>Int &mdash; Default: 50</i><br />
        ???
</p>
<p name="nextclade_single.nextclade_one_sample.docker">
        <b>nextclade_single.nextclade_one_sample.docker</b><br />
        <i>String &mdash; Default: "nextstrain/nextclade:3.18.1"</i><br />
        ???
</p>
<p name="nextclade_single.nextclade_one_sample.gene_annotations_json">
        <b>nextclade_single.nextclade_one_sample.gene_annotations_json</b><br />
        <i>File? &mdash; Default: None</i><br />
        ???
</p>
<p name="nextclade_single.nextclade_one_sample.pathogen_json">
        <b>nextclade_single.nextclade_one_sample.pathogen_json</b><br />
        <i>File? &mdash; Default: None</i><br />
        ???
</p>
<p name="nextclade_single.nextclade_one_sample.root_sequence">
        <b>nextclade_single.nextclade_one_sample.root_sequence</b><br />
        <i>File? &mdash; Default: None</i><br />
        ???
</p>
<p name="nextclade_single.taxid_to_nextclade_dataset_name.docker">
        <b>nextclade_single.taxid_to_nextclade_dataset_name.docker</b><br />
        <i>String &mdash; Default: "ghcr.io/broadinstitute/viral-ngs:3.0.4-classify"</i><br />
        ???
</p>
</details>

## Outputs
<p name="nextclade_single.nextclade_aa_dels">
        <b>nextclade_single.nextclade_aa_dels</b><br />
        <i>String?</i><br />
        ???
</p>
<p name="nextclade_single.nextclade_aa_subs">
        <b>nextclade_single.nextclade_aa_subs</b><br />
        <i>String?</i><br />
        ???
</p>
<p name="nextclade_single.nextclade_clade">
        <b>nextclade_single.nextclade_clade</b><br />
        <i>String?</i><br />
        ???
</p>
<p name="nextclade_single.nextclade_dataset">
        <b>nextclade_single.nextclade_dataset</b><br />
        <i>String?</i><br />
        ???
</p>
<p name="nextclade_single.nextclade_json">
        <b>nextclade_single.nextclade_json</b><br />
        <i>File?</i><br />
        ???
</p>
<p name="nextclade_single.nextclade_pango">
        <b>nextclade_single.nextclade_pango</b><br />
        <i>String?</i><br />
        ???
</p>
<p name="nextclade_single.nextclade_shortclade">
        <b>nextclade_single.nextclade_shortclade</b><br />
        <i>String?</i><br />
        ???
</p>
<p name="nextclade_single.nextclade_subclade">
        <b>nextclade_single.nextclade_subclade</b><br />
        <i>String?</i><br />
        ???
</p>
<p name="nextclade_single.nextclade_tsv">
        <b>nextclade_single.nextclade_tsv</b><br />
        <i>File?</i><br />
        ???
</p>
<p name="nextclade_single.nextclade_version">
        <b>nextclade_single.nextclade_version</b><br />
        <i>String?</i><br />
        ???
</p>

<hr />

> Generated using WDL AID (1.0.0)