4.63. nextclade_single¶

Run Nextclade on a single genome

4.63.1. Inputs¶

nextclade_single.nextclade_one_sample.genome_fasta
File — Default: None
???

nextclade_single.taxid_to_nextclade_dataset_name.nextclade_by_taxid_tsv
File — Default: None
???

nextclade_single.taxid_to_nextclade_dataset_name.taxdump_tgz
File — Default: None
???

nextclade_single.taxid_to_nextclade_dataset_name.taxid
Int — Default: None
???

Show/Hide

nextclade_single.nextclade_one_sample.auspice_reference_tree_json
File? — Default: None
???

nextclade_single.nextclade_one_sample.disk_size
Int — Default: 50
???

nextclade_single.nextclade_one_sample.docker
String — Default: "nextstrain/nextclade:3.18.1"
???

nextclade_single.nextclade_one_sample.gene_annotations_json
File? — Default: None
???

nextclade_single.nextclade_one_sample.pathogen_json
File? — Default: None
???

nextclade_single.nextclade_one_sample.root_sequence
File? — Default: None
???

nextclade_single.taxid_to_nextclade_dataset_name.docker
String — Default: "quay.io/broadinstitute/viral-classify:2.5.21.1"
???

nextclade_single.nextclade_aa_dels
String?
???

nextclade_single.nextclade_aa_subs
String?
???

nextclade_single.nextclade_clade
String?
???

nextclade_single.nextclade_dataset
String?
???

nextclade_single.nextclade_json
File?
???

nextclade_single.nextclade_pango
String?
???

nextclade_single.nextclade_shortclade
String?
???

nextclade_single.nextclade_subclade
String?
???

nextclade_single.nextclade_tsv
File?
???

nextclade_single.nextclade_version
String?
???

Generated using WDL AID (1.0.0)