4.59. nextclade_single¶

Run Nextclade on a single genome

4.59.1. Inputs¶

nextclade_single.nextclade_one_sample.genome_fasta
File — Default: None
???

Show/Hide

nextclade_single.nextclade_one_sample.auspice_reference_tree_json
File? — Default: None
???

nextclade_single.nextclade_one_sample.dataset_name
String? — Default: None
???

nextclade_single.nextclade_one_sample.disk_size
Int — Default: 50
???

nextclade_single.nextclade_one_sample.docker
String — Default: "nextstrain/nextclade:3.8.2"
???

nextclade_single.nextclade_one_sample.gene_annotations_json
File? — Default: None
???

nextclade_single.nextclade_one_sample.pathogen_json
File? — Default: None
???

nextclade_single.nextclade_one_sample.root_sequence
File? — Default: None
???

nextclade_single.nextclade_aa_dels
String
???

nextclade_single.nextclade_aa_subs
String
???

nextclade_single.nextclade_clade
String
???

nextclade_single.nextclade_json
File
???

nextclade_single.nextclade_shortclade
String
???

nextclade_single.nextclade_subclade
String
???

nextclade_single.nextclade_tsv
File
???

nextclade_single.nextclade_version
String
???

Generated using WDL AID (1.0.0)