# sarscov2_nextclade_multi
Create Nextclade visualizations on many SARS-CoV-2 genomes

## Inputs

### Required inputs
<p name="sarscov2_nextclade_multi.genome_fastas">
        <b>sarscov2_nextclade_multi.genome_fastas</b><br />
        <i>Array[File]+ &mdash; Default: None</i><br />
        ???
</p>
<p name="sarscov2_nextclade_multi.nextclade_many_samples.basename">
        <b>sarscov2_nextclade_multi.nextclade_many_samples.basename</b><br />
        <i>String &mdash; Default: None</i><br />
        ???
</p>

### Other inputs
<details>
<summary> Show/Hide </summary>
<p name="sarscov2_nextclade_multi.nextclade_many_samples.auspice_reference_tree_json">
        <b>sarscov2_nextclade_multi.nextclade_many_samples.auspice_reference_tree_json</b><br />
        <i>File? &mdash; Default: None</i><br />
        ???
</p>
<p name="sarscov2_nextclade_multi.nextclade_many_samples.disk_size">
        <b>sarscov2_nextclade_multi.nextclade_many_samples.disk_size</b><br />
        <i>Int &mdash; Default: 150</i><br />
        ???
</p>
<p name="sarscov2_nextclade_multi.nextclade_many_samples.docker">
        <b>sarscov2_nextclade_multi.nextclade_many_samples.docker</b><br />
        <i>String &mdash; Default: "nextstrain/nextclade:2.12.0"</i><br />
        ???
</p>
<p name="sarscov2_nextclade_multi.nextclade_many_samples.gene_annotations_json">
        <b>sarscov2_nextclade_multi.nextclade_many_samples.gene_annotations_json</b><br />
        <i>File? &mdash; Default: None</i><br />
        ???
</p>
<p name="sarscov2_nextclade_multi.nextclade_many_samples.genome_ids_setdefault_blank">
        <b>sarscov2_nextclade_multi.nextclade_many_samples.genome_ids_setdefault_blank</b><br />
        <i>File? &mdash; Default: None</i><br />
        ???
</p>
<p name="sarscov2_nextclade_multi.nextclade_many_samples.pcr_primers_csv">
        <b>sarscov2_nextclade_multi.nextclade_many_samples.pcr_primers_csv</b><br />
        <i>File? &mdash; Default: None</i><br />
        ???
</p>
<p name="sarscov2_nextclade_multi.nextclade_many_samples.qc_config_json">
        <b>sarscov2_nextclade_multi.nextclade_many_samples.qc_config_json</b><br />
        <i>File? &mdash; Default: None</i><br />
        ???
</p>
<p name="sarscov2_nextclade_multi.nextclade_many_samples.root_sequence">
        <b>sarscov2_nextclade_multi.nextclade_many_samples.root_sequence</b><br />
        <i>File? &mdash; Default: None</i><br />
        ???
</p>
<p name="sarscov2_nextclade_multi.nextclade_many_samples.virus_properties">
        <b>sarscov2_nextclade_multi.nextclade_many_samples.virus_properties</b><br />
        <i>File? &mdash; Default: None</i><br />
        ???
</p>
</details>

## Outputs
<p name="sarscov2_nextclade_multi.auspice_json">
        <b>sarscov2_nextclade_multi.auspice_json</b><br />
        <i>File</i><br />
        ???
</p>
<p name="sarscov2_nextclade_multi.nextclade_json">
        <b>sarscov2_nextclade_multi.nextclade_json</b><br />
        <i>File</i><br />
        ???
</p>
<p name="sarscov2_nextclade_multi.nextclade_tsv">
        <b>sarscov2_nextclade_multi.nextclade_tsv</b><br />
        <i>File</i><br />
        ???
</p>

<hr />

> Generated using WDL AID (1.0.0)